赛季后离职的马丁内斯凭借着在英超这几个赛季的出色执教履历，马上就在另一家英超俱乐部找到了新工作。
2013年夏天，埃弗顿主教练莫耶斯接替老爵爷弗格森，成为了曼联的新帅。马丁内斯则成为了莫耶斯在埃弗顿的接班人。

 

值得一提的是，当时海港队前葡萄牙籍主教练佩雷拉也是埃弗顿新帅的候选，但在最后的竞争中输给了马丁内斯。
但是在之后的两个赛季，马丁内斯的球队防守糟糕，虽然保级无忧，但排名一直在积分榜的前十名开外。特别是2015-16赛季，埃弗顿在赛季最后10场英超联赛中仅仅赢了一场球。即使马丁内斯率队闯入了联赛杯和足总杯的半决赛，依旧无法阻止自己被炒鱿鱼的命运。

 
 
带比利时球队从辉煌到落寞
由于国家队内部不团结的顽疾，比利时足协选择了西班牙人马丁内斯。因为马丁内斯在英超长期执教，而比利时队的大部分球员也都在英超俱乐部踢球。国家队头号射手卢卡库一直在埃弗顿和马丁内斯共事，也是原因之一。
在马丁内斯上任前的2016年欧洲杯上，比利时队晋级到八强，四分之一决赛被威尔士爆冷击败。所以马丁内斯的起点不低，他需要将这些被称为比利时“黄金一代”的球员凝聚为一个团队，并且在2018年俄罗斯世界杯上取得好成绩。

 

2018年世界杯对于马丁内斯来说无疑是成功的。
比利时队小组赛全胜晋级；虽然八分之一决赛一度落后日本队两球，但马丁内斯及时变阵，直接简单粗暴的“高空轰炸”起到了立竿见影的效果；四分之一决赛2:1力克巴西队的那场比赛，更是马丁内斯执教比利时球队的最高光一战。
虽然半决赛0:1不敌法国队，但三四名决赛战胜英格兰队，已经足以让比利时足协和球迷们满意了，他也因此得到了续约合用。